Segundo a portaria assinada pelo Procurador Carlos Wagner Barbosa Guimarães, toda a investigação teve início depois que a Controladoria Geral da União encaminhou à Procuradoria da República no Piauí, o Relatório de Fiscalização nº 1276, que foi feito depois de uma rigorosa fiscalização realizada nos recursos do Ministério da Educação, em Brasília-DF, que foram transferidos para o Município de Francinópolis-PI. O Procurador Carlos Wagner Guimarães instaurou o inquérito civil público para apurar as irregularidades na aplicação dos recursos federais, com fundamento no artigo 129, inciso VI, da Constituição Federal combinado com o artigo 6º, inciso VII e artigo 7º, inciso I, da Lei Complementar e artigo 8º, parágrafo 1º, da Lei nº 7.347/85 e de acordo com as Resoluções do Conselho Superior do Ministério Público Federal nº 87/2006 e do Conselho Nacional do Ministério Público nº 23/2007.  Carlos Wagner Barbosa Guimarães determina ainda que sua decisão de instauração do inquérito para apurar o caso, seja comunicada à 5ª Câmara de Coordenação e Revisão do Ministério Público Federal e que seja publicada no Diário da Justiça Eletrônico.